转换在浏览器内由 官方 RDKit(编译为 WebAssembly) 完成,算法与 Python 版 rdkit 完全一致:
rdkit
① 解析 molfile(V2000/V3000);② AddHs 补齐氢;③ EmbedMolecule 用 ETKDGv3(实验扭转修正的距离几何)生成三维坐标;④ 用 MMFF94 或 UFF 力场做几何优化。无 MMFF 参数时自动回退 UFF。
AddHs
EmbedMolecule
本 WASM 由 RDKit 源码 Code/MinimalLib 自行编译,并新增 3D 接口绑定。化学上与 RDKit 原生实现一致,非近似启发式。
Code/MinimalLib